|
|
Komparační analýza genomických dat pomocí grafické reprezentace
Těthal, Jiří ; Provazník, Ivo (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Práce se zabývá identifikací druhů živočichů pomocí denzity nukleotidů mitochondriálního genu CO1. V první části práce jsou teoreticky shrnuty informace o DNA barcodingu a buněčné organele mitochondrii, která s touto metodou úzce souvisí. Druhá část se již prakticky zabývá porovnáváním různých sekvencí s využitím denzity jejich nukleotidů. K tomuto účelu byl vytvořen program, který využívá dvě funkce, přičemž první ze zadaných sekvencí nukleotidů vypočítá jejich denzitu a druhá dokáže tyto denzity porovnat distanční metodou.
|
|
|
Porovnávání mitochondriální DNA pro identifikaci druhů
Labounek, René ; Provazník, Ivo (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Práce se zabývá metodou rozeznávání živočišných druhů na základě analýzy úseku mitochondriální DNA. K této analýze a zařazení se využívá úsek genu CO1 v literaturách nazýván jako čárový kód života. V úvodu práce je rozebrána teorie mitochondriální dědičnosti a podmínek tvorby čárového kódu. Z této teorie nadálé vychází její praktické využití při tvorbě knihovny vytvořených čárových kódů jednotlivých živočišných druhů. Data pro tvorbu knihovny jsou čerpány z veřejných databází NCBI a BOLD Systems. Další část práce se zabývá metodami porovnávání jednotlivých čárových kódů mezi sebou a hlavně s čárovým kódem člověka. K těmto analýzám byly použity tři hlavní výpočetní postupy. Byly to Needleman-Wunschův algoritmus, Smith-Watermanův algoritmus a porovnávání podobností pomocí distanční matice. S metodou porovnávání pomocí distanční matice je úzce spjat převod sekvencí molekuly DNA ze znakové podoby do numerických formátů, kterým se tato práce také zabývá. K usnadnění práce s daty byly vytvořeny vyhledávací algoritmy čárových kódu podle zadaného názvu druhu a naopak.
|
|
| |
|
|
Vliv redukce nukleotidových denzitních vektorů na molekulární identifikaci organismů
Kosková, Markéta ; Provazník, Ivo (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá vlivem redukce nukleotidových denzitních vektorů na molekulární identifikaci organismů. Na začátku teoretické části je popsán pojem druh, jeho vývoj a s ním související mutace. V další časti je uvedena taxonomie, především ta molekulární, a DNA barcoding spolu s popisem mitochondriální DNA a jeho využitím k identifikaci druhů. Na konci teoretické části se nachází informace o nukleotidových denzitních vektorech, na které navazuje praktická část. V ní je pomocí Matlabu provedena analýza ošetření okrajů denzitních vektorů na 188 sekvencích. S nejlepší hodnotou je následně provedena identifikační analýza organismů a její vyhodnocení při použití denzitních vektorů pro jednotlivé nukleotidy a jejich sumy. To pro 4 soubory referenčních a 5 souborů analyzovaných sekvencí stejných druhů.
|
|
| |
|
| |
|
|
Význam ekotonálních společenstev les-bezlesí a jejich charakteristik pro složení ornitofauny
Svoboda, Petr
Ekotonální společenstva jsou specifickým biotopem řady různých organismů. Tato bakalářská práce zkoumá a srovnává složení hnízdních společenstev ptáků v ekotonálních společenstvech les-bezlesí a v navazujících biotopech lesa a bezlesí. Výzkum ptačích společenstev proběhl v roce 2021 pomocí třech termínů sčítání ptáků na 90 bodech rozmístěných systematicky na 30 vybraných lokalitách reprezentujících ekoton les-bezlesí s různými charakteristikami. Celkem bylo zaznamenáno 54 druhů ptáků, 39 druhů v lesních biotopech, 3 v biotopech bezlesí a 37 v ekotonu les-bezlesí. Celkově nejhojnějším druhem byl budníček menší (Phylloscopus collybita Vieillot, 1817), pěnkava obecná (Fringilla coelebs Linnaeus, 1758) a pěnice černohlavá (Sylvia atricapilla Linnaeus, 1758). Druhové složení i diverzita ptačích společenstev se mezi sledovanými biotopy signifikantně lišila, kdy společenstva bezlesí byla výrazně chudší než společenstva lesa a ekotonu. Ptačí společenstvo ekotonu bylo tvořeno kombinací druhů lesa i bezlesí, ale hostilo i pro ekoton specifické druhy, jako je například strnad obecný (Emberiza citrinella Linnaeus, 1758), linduška lesní (Anthus trivialis Linnaeus, 1758) a stehlík obecný (Carduelis carduelis Linnaeus, 1758). Podíl lesního okraje s křovinami byl potvrzen jako nejvýznamnější charakteristika ekotonu les-bezlesí se signifikantním vlivem na složení ptačích společenstev, kdy u osmi druhů bylo potvrzeno, že preferují lokality s vyšším podílem křovin podél lesního okraje a pouze dva druhy preferovali ekoton s minimem křovin.
|
|
|
Hybridizace kaprovitých ryb v České republice: genetická a morfometrická analýza podčeledi jelcovitých (Leuciscinae
Kaufman, Vít ; Musilová, Zuzana (vedoucí práce) ; Choleva, Lukáš (oponent)
Křížení neboli hybridizace je proces, kdy pářením dvou druhově nepříbuzných jedinců vznikne životaschopný potomek. Následkem zpětného křížení bývá často zanášení nepůvodních částí genomu do genomu druhého druhu. Takovému jevu se říká introgrese. S postupným výzkumem se zjišťuje, že hybridizace je poměrně běžný jev. Mezi obratlovci se s ním můžeme ve velké míře setkat u ryb. Skupinou ryb, u které se s hybridizací setkáváme velice často jsou ryby z čeledě jelcovitých (Leuciscidae). Jedná se o jeden z nejpočetněji se vyskytujících čeledí sladkovodních ryb v Evropě. Zvýšená míra hybridizace je u nich dána zvláště častým sympatrickým výskytem, kompeticí o třecí substrát a dalšími ekofyziologickými faktory. Křížení v této čeledi bylo známo již od druhé poloviny 20. století. Výzkumy provedené v této tématice však byly prozatím omezené na analýzy morfologických znaků, které byly v nejlepším případě podložené analýzami alozymů. Náš projekt si dal za cíl zjistit stav křížení v několika údolních nádržích České republiky. Hlavní důraz byl kladen na detekci hlavních hybridních kombinací, stanovení míry křížení (tedy otestovat, zda křížení pokračuje i do dalších generací) a zhodnocení některých morfometrických a morfologických projevů u hybridů. Za tímto účelem bylo ovzorkováno více než 400 jedinců, ze kterých...
|
|
|
Evoluce rodu Malus se zvláštním přihlédnutím k ochraně starých odrůd jabloní
Polcar, Václav ; Urfus, Tomáš (vedoucí práce) ; Macková, Lenka (oponent)
Následující práce se zabývá rodem Malus z hlediska významné diverzity, kterou tento rod představuje. Jsou zde shrnuty základní poznatky o taxonomické pozici a světových vývojových centrech rodu. V části práce byly též pojednány reprodukční mechanismy podílející se zde na vzniku diverzity. Speciální důraz je pak kladen na druh Malus domestica, jeho vývoj a hybridní původ. V tomto kontextu jsou představeny staré odrůdy jabloní, jejich význam a pomologicky významné oblasti Česka. Nedílnou součástí této práce je též část věnující se ochraně starých odrůd, jejím limitům i možnostem. Ochrana starých odrůd je zde též kladena do souvislosti s ochranou extenzivního sadu jako významného agroekosystému. Z dostupných dat je závěrem porovnán podíl pěstovaných lokálních odrůd v rámci Česka.
|
|
|
Odrůdové sortimenty rodu Lavandula ve světle historických dat
Vančurová, Lucie
Bakalářské práce na téma Odrůdové sortimenty rodu Lavandula ve světle historických dat se zabývá podrobněji rodem Lavandula z hlediska botanického, geografického, pěstitelského a šlechtitelského. Dále jsou zde také zahrnuta témata o historii, taxonomii a využití levandule u nás i ve světě. Hlavním cílem práce bylo vypracovat studii představující sortiment odrůd rodu Lavandula jako přínos pro rekonstrukci historických zahrad a parků. Popsané kultivary představit po stránce botanické, geografické, pěstitelské a šlechtitelské a v neposlední řadě porovnat uplatnění odrůd historických s těmi současnými. Při vypracování této práce jsem vycházela ze studia dobových pramenů, na základě jejichž prostudování jsem zjistila, které odrůdy se pěstovaly především v 19. stol. a v 1. pol. 20. stol. Uplatnění této práce vidím především v zahradní architektuře, kde může sloužit jako podklad pro obnovu historických parků a zahrad.
|
host ::
RSS.